Глобальная темная тема для flatpak
Узнаём название темы для gtk приложений в системе:
gsettings get org.gnome.desktop.interface gtk-theme | tr -d "'"
Даём flatpak разрешение на чтение конфигов gtk-3.0:
flatpak override --user --filesystem=xdg-config/gtk-3.0
Указываем переменную GTK_THEME. В моём случае Breeze
flatpak override --user --env=GTK_THEME=Breeze