sql Добавить если нет
У скольких не хватает комментов
SELECT COUNT(*)
FROM articles
WHERE publish = 'prod'
AND id NOT IN (SELECT article_id FROM article_flag)
Включить комменты не хватающим
INSERT INTO article_flag (article_id, flag_id)
SELECT id, 3
FROM articles
WHERE publish = 'prod'
AND id NOT IN (SELECT article_id FROM article_flag)